选择最适合于某种用途的清洁剂种类，需考虑这样三个因素：
（1） 膜上沉积污垢的种类
（2） 膜的种类
（3） 应用要求
以下所列出的是一些最常用的清洁剂与清洗条件：
A. 0.3 – 0.5M 氢氧化钠（NaOH）（25 - 45℃）
0.5M NaOH + 200 - 400ppm 次氯酸钠（25 - 45℃），此为最佳清洁剂。
这些清洁剂通常被应用于生物制品的加工中，NaOH能有效地溶解并水解大多数的蛋白质，脂类和多糖化合物，在NaOH溶液（pH 10-13）中加入一些含氯试剂能增强清洗能力，因为这些含水量氯试剂能氧化降解蛋白类的污垢和其它一些有机污垢而不影响不锈钢表面，清洗过程大约需30-60分钟。
B. 0.1M – 0.5M硝酸、柠檬酸或磷酸溶液（25 - 35℃）
酸性清洗剂对处理那些在低PH条件下溶解的污垢（这些污垢具有较高的等电点）非常有效，典型的污垢有DNA、多糖，细菌细胞和无机污垢，清洗过程一般为30 - 60分钟。
C. 100 - 400ppm过氧乙酸
具有很强的灭菌功能，可作为含氯试剂的替代物，是极好的清洁卫生试剂。
D. 去垢剂或表面流行性剂
Triton X –100(非离子表面活性剂)和十二烷基磺酸钠（SDS）是非常有效的清洁剂，同时不会损伤膜，它们被应用于清除以下污垢，蛋白类、脂肪、油和其它生物多聚物，清洁过程为30 – 90分钟。
E. 酶
酶类清洁剂，如0.1% - 0.5% 的胰蛋白酶和P3 Ultrasil 56. 对清洗被细胞碎片严重污染的膜的有效的。由于酶反应较慢，经常不能反应完全，同时酶本身也是蛋白质，需用其它清洗剂来去除。因此在所有清洗剂中酶清洗剂最少被推荐使用。
